Керівники гуртків Конотопської СЮН працюють за 4 навчальними програмами:

- «Юні квітникарі» (затверджена МОН України, 2013 р. збірник програм під ред. Вербицького В.В.)

- «Природа і творчість» (затверджена наказом Департаменту освіти і науки Сумської обласної державної адміністрації № 593-од від 05.10.2015)

- «Народні ремесла» (затверджена наказом Департаменту освіти і науки Сумської обласної державної адміністрації  № 3-од від 06.01.2016)

- адаптована навчальна програма «Любителі декоративних і свійських тварин» (затверджена наказом відділу освіти Конотопської міської ради № 392 од/1 від 02.09.2016)